La Fundación Pro Innovación se ha financiado desde sus inicios principalmente a través de aportes públicos y privados a sus programas.
La única excepción fueron los aportes fundacionales realizados por su Presidente fundador durante el período previo a su constitución legal, para financiar la puesta en marcha de la Fundación. Estos fueron relativamente menores si se los compara con los aportes recibidos por ésta desde entonces para financiar sus programas.
En un año promedio, la suma de los aportes públicos y privados ha tendido a ser comparable en magnitud, como puede apreciarse en el gráfico. Esto refleja una estrategia de financiamiento que apunta a financiar los programas con recursos fundamentalmente privados, de manera de evitar que éstos dependan de la voluntad política de los gobiernos de turno para su sustentabilidad en el tiempo. Al mismo tiempo, la estrategia apunta a sumar como socio en la medida de lo posible al sector público, dadas sus importantes externalidades positivas, de manera de convertir nuestros programas en iniciativas público-privadas en las que los esfuerzos se alinean y suman, potenciando su impacto social.
En el caso de los Premios Avonni, los recursos privados provienen de nuestros auspiciadores y colaboradores: Arauco, Banmédica, Colbún, Empresas Eléctricas y Entel. Nuestros co-organizadores, TVN y El Mercurio, realizan aportes comparables en términos de espacios
publicitario en sus medios. El gobierno ha apoyado a través del Ministerio de Economía y CORFO la realización de los Premios Avonni desde sus inicios. Tras la investidura de los Premios Avonni como el máximo galardón público-privado a la innovación en Chile y la incorporación del Gobierno de Chile como cuarto co-organizador, a partir de 2012 este apoyo adquirió el carácter de un compromiso de financiamiento público a largo plazo.
Nuestra red Mentores por Chile fue puesta en marcha gracias a una donación inicial de $20M del Banco BCI que permitió financiar el proyecto piloto y ha sido escalada a nivel nacional con apoyo de CORFO. Los aportes de los emprendedores, inicialmente menores, deberían financiar al menos la mitad del gasto operativo total de la red a partir de 2013.
Entre 2009 y 2011, la Fundación recibió una donación anual de US$100.000, por un monto total de USD 300.000, de la empresa estadounidense CISCO para financiar la puesta en marcha del proyecto Innovacien.
Finalmente, la Fundación recibió una donación de US$ 500.000 del Banco BCI para financiar la realización de dos componentes del proyecto NuevaMente (desarrollo de la herramienta on-line de prevención del fallo empresarial y experiencia piloto de rescate de emprendedores en crisis), los que fueron complementados con recursos provenientes del FOMIN (BID) y el Ministerio de Ecomomía, todos ellos canalizados a través de la Confederación de la Producción y el Comercio (CPC).